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中国科学院海岸带研究所现有中国科学院海岸带环境过程与生态修复重点实验室、海岸带生物学与生物资源保护实验室、海岸带环境工程技术研究与发展中心、海岸带生物资源高效利用研究与发展中心、海岸带信息集成与战略规划研究中心、山东省海岸带环境过程重点实验室、山东省海岸带环境工程技术研究中心，拥有中国科学院牟平海岸带环境综合试验站、中国科学院黄河三角洲滨海湿地生态试验站、黄河三角洲盐碱地农田生态系统观测研究站、中国科学院烟台产业技术创新与育成中心，拥有500吨级“创新一”科学考察船。研究所为中国海洋工程咨询协会海岸科学与工程分会的依托单位。