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基礎生物学研究所（きそせいぶつがくけんきゅうしょ、 national institute for basic biology）は、自然科学研究機構を構成する愛知県岡崎市にある大学共同利用機関。 基礎生物学分野における日本の中核的な国立研究所である。生物現象の本質を分子細胞レベルで解明することを目標に、幅広い研究活動を行っている。 国家事業であるナショナルバイオリソースプロジェクトのメダカ分野を担当している。 総合研究大学院大学の大学院生に対する教育も実施している。